Происхождение концепции бэнто прослеживается в период Камакура (1185—1333 годы), когда широкое распространение получил сваренный и затем высушенный рис хоси-и (糒 или 干し飯, буквально «сушёная еда»). Хоси-и хранили в маленькой сумке, и его можно было есть сухим либо бросить в кипяток, получив таким образом сваренный рис. В период Адзюти-Момояма были впервые изготовлены деревянные лакированные шкатулки, подобные современным, и бэнто стали есть на ханами или к чаю.

В более мирный и спокойный период Эдо культура приготовления бэнто стала более распространённой и отточенной. Путешественники и крестьяне могли нести несколько косибэнто (яп. 腰弁当), включающих в себя онигири, помещённые в коробку из бамбуковых листьев или стеблей. В этот период также появился один из наиболее популярных стилей бэнто, называемый макуно-ути бэнто (буквально «бэнто перерыва» или «бэнто антракта»). Люди, собиравшиеся идти на представления театров Но и Кабуки, брали с собой специальное бэнто, чтобы поесть между сценами (маку). Многочисленные поваренные книги описывали способы того, как приготовить бэнто, как его упаковать и как подготовиться к Ханами и Хинамацури.

В период Мэйдзи стали продаваться первые экибэнто или, короче, экибэн (駅弁当 или 駅弁, «привокзальные бэнто»). Есть несколько противоречивых свидетельств о том, где был продан первый экибэн, но основная версия гласит, что он был продан 16 июля 1885 года на железнодорожной станции Уцуномия и состоял из двух онигири, упакованных в коробку, обмотанную бамбуковыми листьями. Первые школы европейского типа в Японии не предоставляли ученикам услуг столовой, поэтому ученики и учителя, как и почти все служащие, носили с собой бэнто. В этот период стали продаваться и бэнто в европейском стиле, включающие в себя бутерброды и сандвичи.

В период Тайсё особо роскошными считались алюминиевые коробки для бэнто - благодаря лёгкости мытья и внешнего сходства с серебром. Также началось постепенное вытеснение практики употребления бэнто в школах. Бэнто часто плохо отражалось и на физическом здоровье учеников — такая диета была недостаточно сбалансированна — и психологически, так как многие школьники сравнивали свои бэнто. После Второй Мировой войны бэнто были, казалось, окончательно вытеснены из школьных столовых, где их заменили стандартные обеды для учителей и учеников.

Бэнто восстановило свои позиции в 1980-х благодаря распространению микроволновых печей и продуктовых минимаркетов. Кроме того, непрактичные металлические и деревянные коробки были заменены на дешёвые одноразовые контейнеры из полистирола. В 2003 году, чтобы привлечь пассажиров на фоне кризиса индустрии авиаперевозок, аэропорты начали предлагать бэнто, включающие в себя местные кулинарные особенности, для пассажиров, ожидающих своего рейса и в ходе полёта.